De oorlogsjaren betekenden ook voor Gilze en Rijen veel Duitse militaire transporten en minder treinen voor personenvervoer. Dit eerste werd vooral veroorzaakt door de aanwezigheid van het militaire vliegveld. Om zware materialen zonder vertraging te kunnen aanvoeren, werd in juli 1940 vanaf de oostzijde van station Gilze-Rijen via de Haansberg een spoorlijn naar het hart van het vliegveld aangelegd. Waar eerder twee houten vliegtuigloodsen stonden, trokken de Duitsers een stationsgebouw op. In de buurt van dit stevig gebouwde en overdekte stationsgebouw werden grote ondergrondse opslagplaatsen voor benzine aangelegd. Na 1945 werd deze spoorlijn nog maar op onregelmatige tijden gebruikt en uiteindelijk opgebroken. Het laatste stuk van de lijn verdween in het midden van de jaren tachtig van de vorige eeuw.