Na de Tachtigjarige oorlog in 1648 werd het in Nederland voor de katholieken verboden om gebruik te maken van hun kerken. Er woonden praktisch geen protestanten in Gilze, maar desalniettemin werden zij de gebruikers van de St. Petrus Bandenkerk in het dorp.
De katholieke inwoners van Gilze konden voor de kerkdiensten naar de kerk in Baarle onder de Hertog, maar de afstand hier naar toe was veel te groot. Daarom werd er een schuurkerk gebouwd aan de noordrand van het dorp, waar nu de Abdis van Thornstraat ligt.
In 1761 was deze schuurkerk hard aan vernieuwing toe. Daarom werd op dezelfde plek een nieuwe gebouwd, die echter in de nacht voor de inwijding (19 juni 1762) helemaal afbrandde. De schuurkerk aan de Alphensebaan, die tijdens de bouw dienst had gedaan als tijdelijke schuurkerk, bleef daarom na de brand in gebruik tot de nieuwe schuurkerk weer was opgebouwd.
Pas in 1818 konden de katholieken van Gilze terug naar de St. Petrus Bandenkerk.
De Vlaamse schuur aan de Alphensebaan staat er nog steeds. Hij is van 1647; in 1949 werd de schuur gerestaureerd en een halve meter naar het noorden verplaatst. Sinds 1968 is de schuur als Rijksmonument aangemerkt. De schuur is nu in gebruik als boerenschuur, maar er zijn plannen om de schuur aan te passen als woonruimte.